本發(fā)明涉及分子生物學,尤其涉及一種同時檢測水產養(yǎng)殖中34種病原微生物和39種耐藥基因的引物組及其應用。
背景技術:
1、水產養(yǎng)殖業(yè)在食品供給和經濟發(fā)展中占據(jù)重要地位,然而病害頻發(fā)嚴重制約該產業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。水產養(yǎng)殖動物易受多種病原體侵襲,包括病毒(如白斑綜合征病毒, white? spot?syndrome?virus)、細菌(如副溶血弧菌, vibrio?parahaemolyticus)、寄生蟲(如刺激隱核蟲, cryptocaryon?irritans)等,其往往流行區(qū)域廣、傳播速度快、易混合和交叉感染,常導致大規(guī)模死亡,造成嚴重經濟損失。
2、抗菌藥物被廣泛應用于水產養(yǎng)殖病害防控,然而細菌耐藥性的產生和傳播給水產養(yǎng)殖病害防控帶來了新的挑戰(zhàn)。耐藥性的產生不僅降低了臨床療效,迫使養(yǎng)殖者加大用藥劑量或頻繁更換藥物,進一步加劇了耐藥基因的選擇性富集。更為嚴重的是,未被代謝的抗菌藥物及其耐藥基因在環(huán)境中長期殘留,并通過基因水平轉移在不同微生物種群間擴散,形成耐藥基因庫,對生態(tài)環(huán)境和公共衛(wèi)生安全構成潛在威脅。及時監(jiān)測水產養(yǎng)殖環(huán)境中病原菌的耐藥性情況,對于指導合理用藥、延緩耐藥性發(fā)展具有重要意義。
3、目前檢測病原的方法主要有細菌分離鑒定法、聚合酶鏈式反應(pcr)、基因芯片、基因測序技術等,但這些方法檢測流程用時長、檢測效率低、檢測成本高,難以滿足對多種病原同時檢測的需求。
技術實現(xiàn)思路
1、本發(fā)明的目的在于提供一種同時檢測水產養(yǎng)殖34種病原微生物和39種耐藥基因的引物組,采用該引物組用于臨床樣本檢測,實現(xiàn)水產養(yǎng)殖病原和耐藥基因的快速、精準檢測。
2、為了實現(xiàn)上述發(fā)明目的,本發(fā)明提供以下技術方案:
3、本發(fā)明提供了一種同時檢測水產養(yǎng)殖中34種病原微生物和39種耐藥基因的引物組,包括表2所示的引物組序列。
4、作為優(yōu)選,所述引物組的特異性上游引物的5’端連接特異性序列1,特異性下游引物的5’端連接特異性序列2;所述特異性序列1的序列為gacatggctacgatccgactt,所述特異性序列2的序列為cgcttggcctccgacttgc。
5、本發(fā)明還提供了所述引物組在制備同時檢測水產養(yǎng)殖34種病原微生物和39種耐藥基因的產品中的應用。
6、本發(fā)明還提供了同時檢測水產養(yǎng)殖34種病原微生物和39種耐藥基因的試劑盒,包括上述引物組。
7、本發(fā)明還提供了所述引物組在以非疾病診斷和/或治療為目的的同時檢測水產養(yǎng)殖病原微生物和耐藥基因中的應用。
8、本發(fā)明還提供了一種以非疾病診斷和/或治療為目的的同時檢測水產養(yǎng)殖34種病原微生物和39種耐藥基因的方法,包括如下步驟:
9、(1)提取待測樣本的核酸,得到核酸樣本;
10、(2)利用所述引物組對步驟(1)所述核酸樣本進行第一輪pcr擴增并純化;
11、(3)將步驟(2)純化后的產物與atoplex單標簽進行第二輪pcr擴增,并二次純化,得到ds?dna文庫;
12、(4)利用內切酶對環(huán)化后的ds?dna文庫進行ssdna文庫構建,然后進行測序、分析。
13、通過采用上述技術方案,本發(fā)明具有如下有益效果:
14、本發(fā)明設計了特異性引物組,利用高通量測序技術可以同時檢測多種病原和耐藥基因,大大提高了檢測效率,為水產養(yǎng)殖病害的早期診斷、精準防控和合理用藥提供了強有力的技術支撐。本發(fā)明所述引物組還可以用于臨床樣本檢測,實現(xiàn)水產養(yǎng)殖病原和耐藥基因的快速、精準檢測。
1.一種同時檢測水產養(yǎng)殖中34種病原微生物和39種耐藥基因的引物組,其特征在于,包括如下引物組序列:
2.權利要求1所述引物組在制備同時檢測水產養(yǎng)殖34種病原微生物和39種耐藥基因的產品中的應用。
3.一種同時檢測水產養(yǎng)殖34種病原微生物和39種耐藥基因的試劑盒,其特征在于,包括權利要求1所述的引物組。
4.權利要求1所述引物組在以非疾病診斷和/或治療為目的的同時檢測水產養(yǎng)殖病原微生物和耐藥基因中的應用。
5.一種以非疾病診斷和/或治療為目的的同時檢測水產養(yǎng)殖34種病原微生物和39種耐藥基因的方法,其特征在于,包括如下步驟: